薛定谔07:借助Schrodinger软件由单个配体创建药效团模型

发布于 2021-07-12  336 次阅读


药效团(pharmacophore)是配体被生物大分子进行分子识别所必需的物理化学特征及其空间排布。这些“药效特征元素”是配体与受体发生相互作用时的活性部位,它们可以是某些具体的原子或原子团,比如氧原子、羟基、羰基等,也可以是抽象的化学功能结构,如疏水团、氢键给体、氢键受体等。药效团模型方法就是一种最为杰出的基于配体结 构的药物分子设计方法。

药效团的类型有多种,本次教程为大家分享Schrodinger软件构建基于单个配体分子的药效团模型教程。

①单个配体药效团构建

1.点击File> Change Working Directory选择合适的文件夹更改工作目录;

2.点击File>Import Structures导入目标配体分子,这里以软件包中的实例3el8_prepped_lig.maegz为例;

3.在软件界面右上角点击Tasks > Phase > Develop Pharmacophore Hypothesis打开药效团创建面板;

4.在Create pharmacophore model using选项的下拉菜单中选择Single ligand (Workspace);

5.勾选Pick feature in Workspace,在Choose Features选项下方勾选需要创建的药效特征,本次教程中以选择特征D7, D8, D5, A1和R14为例(也可通过在工作窗口中通过鼠标点击选择);

6.手动创建工作区分子不存在的氢键供体特征

在Develop Pharmacophore Hypothesis窗口中,勾选Add [Acceptor] in workspace,然后将Acceptor更改为Donor;

在工作区中鼠标选择距离A3特征最近的R13芳香环上的氢原子;

在添加的D15特征上右键打开Edit feature D15窗口;

勾选Manually reposition feature,在工作区,鼠标移动旋转等操作更改药效特征的位置与方向,也可直接输入坐标来改变;

更改完成后,点击OK进行确认。

7.在配体分子周围添加排除体积

在Develop Pharmacophore Hypothesis窗口中,点击 Hypothesis Settings 打开Hypothesis Settings窗口;

选择Excluded Volumes选项卡, 勾选Create excluded volume shell;

单击Save关闭对话框并保存对选项的更改。

8.更改药效团名称Hypothesis name为3el8_hypo;

点击Create创建药效团并将其添加到Maestro项目表和条目列表中。

9.在名为3el8_hypo的条目中右键单击药效团的H按钮,隐藏(取消显示)药效团中的排除体积,取消勾选Excluded volumes;

10.也可通过右键单击名为3el8_hypo的条目的H按钮,取消勾选Feature tolerances来隐藏药效团特征的容差标记(tolerance markers)。

至此,基于单个配体分子的药效团模型就构建完成了,可以进行保存备用。


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